早在咸丰十年湘军便军饷紧张。曾国藩时任两江总督，为解决军饷问题，奏请将江西的漕折、厘金等用于湘军的军饷，此奏得到清廷批准。为此，日益引起江西巡抚沈葆桢的不满。

同治二年三月，已擢升江西广饶九南兵备道、署九江关监督的蔡锦青，鉴于军饷需求巨大，竭力扩充税源，奏请将盐、茶、竹、木四项统征关税，获准后，并于三月二十日正式起征。曾国藩急忙申请将该项税收拨给自己的部队，清廷同意了，沈葆桢却有意见了，紧跟着上奏反对，愣是把所有税银给扣留下来。曾国藩为免伤了彼此和气，转而在六月奏请每月拨九江关洋税3万两，支持其军队所需，但当时江西形势也不乐观，沈葆桢再度上奏反对曾国藩，要求将税银先供援军退敌之用。清廷这下也犯难，只好下旨要求九江关酌拨分解，将这一烫手的山芋扔给了蔡锦青。

蔡锦青夹在曾国藩和沈葆桢两位顶头上司之间，置身争执局面也很为难。但他不能不奉旨操办，于八月拨出3万两供应江忠义、席宝田两军，而拨1万5千两给曾国藩。没想到，沈葆桢闻知怒不可遏，严厉斥责蔡锦青专断擅行，未获其批准而自作主张。

蔡锦青满腹委屈，一边以私信和曾国藩言明实情，一边称病向沈葆桢请求辞官。曾国藩以密函回复安慰蔡锦青，还充当和事佬两度致函沈葆桢解释蔡锦青并无徇私，希望劝其留任。

复兴御窑  云南立功

饶州府浮梁县的景德镇是清代的四大名镇之一，素有“瓷都”美誉。同治三年，清廷为给同治皇帝准备新婚瓷器，便责成蔡锦青实地调查景德镇御窑生产情况。

早在咸丰五年，景德镇因为局势动荡，官民窑厂瓷样毁缺，在厂工匠逃亡无数。蔡锦青到当地后，据实奏明“景德镇人心恐震，工匠纷纷迁徙，均未复业，一时难以召集”。次年，钦差大臣李鸿章奉旨筹集白银13万两，交由蔡锦青负责在御窑旧址兴建厂舍72间，于同治四年重新恢复御窑烧造，并为同治皇帝婚礼烧制御瓷。其后，蔡锦青简放云南分巡迤东兵备道，驻扎寻甸州城，后因为军功赏戴花翎、穿黄马褂，赐号奇车伯巴图鲁，调补云南分巡迤南兵备道，驻扎普洱府城。

同治十二年八月，经云南巡抚岑毓英奏请，蔡锦青兼署粮储道印务事，并在当年的云南癸酉科带补辛西科乡试中，奉命充提调监试官。十二月，蔡锦青由于俸满调取，需进京赴部引见。至次年春季，入朝觐见完毕，钦加布政使衔（从二品），诰授资政大夫（正二品）。