李秀成和陈玉成是后期太平天国最主要的军事将领，由于他们精诚团结，协作互助，扭转了天京事变以来太平天国战略退却的不利局势，开拓了战略反攻的新局面。李、陈二人因此被认为是亲密无间的战友、伙伴。

李秀成曾讲：“至陈玉成，在家与其至好，上下屋之不远，旧日深交，来在天朝，格宜深友。”但他们之间出于利益矛盾并非没有纷争。

但在韦昌辉弟弟韦俊事件上，陈、李意见不一，酿成内讧。1859年9月，为躲避杨辅清、杨宜清兄弟的寻衅，时任太平天国右军主将的韦俊率军由池州渡江，意欲投靠李秀成而另寻地盘。结果为陈玉成所不容，他封锁江面，不让韦部过江投靠李秀成，双方“彼此忿争，于和州地界两相杀戮”，李秀成部支持韦俊，与陈玉成部械斗，“杀毙数千人”，韦俊最终决意降清。

在二克江南大营和随后的攻克苏、常战役中，洪仁玕调陈玉成部前来参战，李秀成对陈玉成这次“不约而来”非常吃惊。用“围魏救赵”之计佯攻杭州以分江南大营之兵的战略，是李秀成、李世贤、杨辅清等人在第二次芜湖会议上的决策。

当时天京已被完全合围，李秀成自然不会像洪仁玕在自述中说的那样先回天京聆听洪仁玕“攻击其背虚之处”的指教。洪仁玕在得到李秀成奏报后，调派陈玉成参战，有分功之嫌(不使李秀成独得全功)，陈玉成不顾湘军大兵逼近安庆的危机贸然东进，则是出于争抢江南膏腴之地的目的。

陈玉成派自己的头号勇将刘昌林取常州，黄文金取常熟，自己兵发扬州、杭州，他在苏南安排的部将后来均被李秀成逐走，唯陈部将详天福侯裕田与李部将慷天燕钱桂仁同守常熟，但侯“系文职，不理军务，唯钱伪帅操兵农之权”。

陈玉成很是不满，1860年6月，陈玉成专程由天京赴苏州，与李秀成会谈苏南地盘划分问题。陈玉成因在“江南无立足之地”，“意欲提兵赴浙江上游一带”，与李秀成发生争执，迫使干王洪仁玕前往苏州“调停忠英二酋之误会”，最终陈玉成隻在苏南要得唯一据点丹阳，派其叔父然王陈时永驻守。

陈玉成返皖后，将李秀成安排在皖北的守将朱兴隆、黄金爱、吴定彩全部调离，或协防安庆，或随军行动，导致李秀成在皖北的地盘丢失。李秀成在苏南则公开排挤陈玉成的部队，大造舆论。

1860年6月15日，李秀成在苏州城中张贴告示：“本月二十八日，英王将移兵此城，尔等善良之庶民，本无罪孽，若遭涂炭，事尤可哀。故此，自今日起至明晚止，应速散去。倘或迟滞，待英王兵至，忠王虽爱惜苍生，恐亦无能为力。”遂大开城门，放百姓出城。故百姓中流传“盖闻此英王者，一向草菅人命，所到之处，不问男女老幼，见则必杀。健壮之民，悉令从军，顺之者生，逆之者亡”，于是“（阖）城民众，扶老携幼，不分昼夜，竞相逃命，俨如洪水之奔流”。

李秀成的部队还公开宣称陈玉成的部队为“野长毛”。陈玉成也不甘示弱，“江阴、常昭两县为英逆麾下攻取，苏省为忠逆独佔，陈逆不慊，每择繁华市镇，多设一卡，归英逆管辖，以资军需”，甚至纵兵焚掠，“或云此股恶匪系属伪英王、护王麾下，因忠王兵丁曾犯其地，故尔报仇”。

总体来讲，陈玉成、李秀成的苏南地盘之争，是以李秀成的获胜而告终的，但导致陈、李之间积怨颇深，以致在接下来的安庆保卫战和二次西征中，李秀成三心二意、迁延不前，对援救皖省(陈玉成“分地”)态度消极。陈、李政争的后果相当恶劣。