蒙古医学是蒙古民族以传统医疗实践经验为基础，吸收藏医及古代印度医的部分基础理论和汉医知识所形成的独特而完整的民族医学体系。

13世纪初，元太祖成吉思汗统一全国后，同各兄弟民族，特别是同汉族之间的往来更加密切，展开全面的文化交流。

常年驰骋在广阔草原上的古代蒙古人，经常发生战伤、摔伤、骨折等疾病，客观要求他们不断摸索克服这些病症的方法。因此，正骨、正脑疗法是早期蒙医的重要内容之一。还有对伤口的“烧灼疗法”、重伤者的“腹罨疗法”(即把牛或骆驼的腹腔剖开，将伤者放入，利用其体温施疗)。

在元代，饮食疗法得到较为系统的总结和发展。著名的元代宫廷饮膳太医、蒙古族营养学家忽思慧所着的《饮膳正要》中，记载了大量的蒙古族饮食卫生及饮食疗法的内容。如常用的马奶、牛骨髓、奶酪及营养卫生的内容在该书中占有相当的比重。此书在祖国医学营养学中占有重要的历史地位。

蒙汉两族医药很早就有交流。隋朝巢元方《诸病源候论》中就载有很多北方民族的医疗卫生知识。许多北方少数民族医家则致力于研究汉医，并介绍到蒙古地区。如宋《圣济总录》在南宋时即已散失，后由“”夷狄“”所存的抄本得以保存。

辽代的耶律庶成则把一些汉医学方面的书译成少数民族文字广泛传播。还有直鲁古写出《脉诀针灸书》一卷受到中原人民的重视，在明人陈弟编的《世善堂藏书目录》中仍有着录。元代蒙医学家沙图穆苏用汉文撰成《瑞竹堂经验方》十五卷，书中反映出蒙医学的某些特点，如治疗风寒湿痹的方剂较多，该书所载方剂达数百首，其中有些方剂实用而有效，至今仍为医家所乐用，如《八珍散》、《四味香附丸》等方剂，均出自该书。用沙漠中生长的地锦草乳汁治疗创伤的方法，至今仍在应用。

森林地带的蒙古人对草药的知识尤为丰富。如14世纪拉西德丁所着的《史集》中记载：兀刺速惕、帖良古惕和客思的迷等这些蒙古部落的人，不但熟悉蒙古药剂，并以蒙古疗法医病之事，颇有盛名。

随着与国内各兄弟民族和阿拉伯、印度以及欧洲国家之间的经济文化交流不断发展，蒙古肉苁蓉和动物性药物传到内地和国外；同时，内地和外国的药物也传入蒙古地区，促进了蒙药的发展。

14世纪，蒙古族翻译家色拉布僧格，将古代印度巨著《金光明最胜王经》从维文、藏文译成蒙文，使古代印度医学的部分基本理论初次传播于蒙古地区。

16世纪，明代中、末叶随着西藏喇嘛黄教输入蒙古，藏医也随之而来到蒙古地区，更加丰富了蒙医学。