顺治16年，吴三桂攻下云南，南明势力走向末路，清朝完成对大陆的基本统一。吴三桂率麾下人马，在朝廷授意下，镇守云南，开藩设府，接手当地军政大权。

“三藩”之中，吴三桂的势力要远超尚可喜和耿精忠，清廷念及吴三桂引清兵入关的“恩惠”，对他的礼遇是最丰富的。

新官上任三把火，吴三桂在任前期，还是做了些好事的。他率军攻打土匪流寇，平定陕川地区，进入云南后，平定了水西土司，维持了云南一带短时间的安稳，云南一带的精兵猛将，大多数成为了他的部下。

云南山高皇帝远，加上吴三桂功高望重，清廷给了他极大的权力。吴三桂选用官员不受吏部兵部的掣肘，财政收入支出不受户部的稽查考核，俸禄军饷还有中央资助，吴三桂成了不折不扣的“土皇帝”。

势力壮大的吴三桂更加无法无天，他花费三年的时间打造安福园，买了四十个年龄才十五岁的伶人，制造各种颜色的哆囉甲带，花费了数十万银两，奢靡程度可以比肩紫禁城。

后来，吴三桂又自恃功高，占据桂王五华山旧宫殿作为他的藩王府，又将沐氏一族的七百多顷旧庄占为己有。以修筑城墙为名，实则广征关税，凿盐井，开矿鼓铸，重敛土司金币。

王宫藩府深宅大院落成后，可不能没有暖房的人。穷奢极欲的吴三桂开始在民间大肆“选美”，他和皇帝一样坐拥后宫佳丽三千，除陈圆圆之外，又得歌女“四面观音”、“八面观音”等人，却仍在不断选美。当地的美女玩腻了，他又专门命贴身侍卫，到江南采买美女四十余人，个个年方十五六岁，供其享乐。

吴三桂深知枪杆子里出政权，专制云南十多年间，每日操练士兵，制造大量的兵器，在一些重要的地理位置，都安排了自己的亲信。

久而久之，吴三桂凭借其在云南的地位和权势，往南可以扼制黔粤地区，往西可控制秦陇地区，拥有巨额财富，每年从朝廷那里“坑骗”了许多军饷回来，而且吴三桂治军严整，对屯守攻战的这些事情准备的已经很充分了。清廷虽然意见很大，但是一直不敢轻举妄动。

直至康熙十二年，藩王的无法无天终究让清廷忍无可忍，康熙下令撤藩。吴三桂气急败坏，自然不会束手就擒，他自称周王、总统天下水陆大元帅、兴明讨虏大将军，发布檄文，降清反明的他又开始打着“反清复明”的旗号造反。

吴三桂起兵初期，依靠兵精将勇，打得清廷无还手之地，他兵出三桂，牢牢占据湖南。清军云集荆州等地，却不敢度过长江正面与吴三桂大军交锋。随着吴三桂起兵，各地云集响应，纷纷造反，一时间中原大地上风起云涌。吴三桂更是直接登基为皇帝，国号大周。

然而吴三桂终究没有皇帝命，称帝当年8月，便因焦虑过重，肝火过盛因病暴毙，时年六十七岁，只做了五个多月的皇帝。

吴三桂死后形势陡变，叛军无首，众心瓦解。其孙吴世璠继承帝位后难当大任，清军趁机发动进攻，从此叛军一蹶不振，湖南、广西、贵州、四川等地逐步被清军攻陷。至康熙二十年底，清军围攻昆明，吴世璠势穷自杀，余众出降，三藩之乱终告平定。