东汉末年，巨鹿（今河北省平乡县）人张角是太平道的首领。张角派遣弟子分赴四方传道，十余年间，徒众数十万，遍布各地。

张角部署道徒为三十六“方”，大方管万余人，小方管六七千人，各立首领，由他统一指挥；并传播“苍天已死，黄天当立，岁在甲子，天下大吉”的口号，向天下人宣布东汉王朝崩溃在即，新的朝代将要崛起。张角还派道徒在京城及州郡官府门上用白土涂写“甲子”两字，准备起义。

中平元年（公元184年）是甲子年。这一年春天，太平道大方马元义调发荆、扬等地数万人向邺城集中，相约在三月初五同时发动起义。马元义多次前往京师洛阳和信奉太平道的宦官联络，以中常侍封谞、徐奉为内应。

在这紧急关头，张角的弟子唐周上书告密。东汉朝廷随即逮捕马元义，将他车裂于洛阳。张角得知计划泄露，连夜派人通知各地提前起义。

中平元年二月，以黄巾为标帜的农民起义军，在七州二十八郡同时起义。张角自称“天公将军”，其弟张宝称“地公将军”，另一弟弟张梁称“人公将军”。黄巾军焚烧官府，攻打聚邑，州郡长吏纷纷逃亡。

中平元年三月，汉灵帝发天下精兵，命北中郎将卢植率军进攻张角，左中郎将皇甫嵩、右中郎将朱俊率军进攻颍川波才黄巾。波才打败了朱俊军，并在长社把皇甫嵩军围住，皇甫嵩兵少，军中皆恐。但波才缺乏战斗经验，依草结营，被汉军用火攻打败。退至阳翟时又被朱俊军、皇甫嵩军与曹操带来的援军打败。汉军接着向东进攻，击败了汝南、陈国黄巾以及东郡黄巾。南阳黄巾也被击败。

中平元年八月，东汉以皇甫嵩代董卓进攻巨鹿黄巾。那时张角已病死，起义军由张梁统率。十月，汉军偷袭张梁军营，张梁阵亡；汉军又攻张宝于下曲阳，张宝败死，巨鹿黄巾全军覆没。

黄巾起义组织严密，酝酿时间很久，但起义后不到一年就遭到失败，究其原因，主要有三：

一、黄巾军虽号称数十万人，但兵虽多而不精，缺乏战斗力。相比之下官军士卒精锐，训练有素，加上器械精良，在战斗力上占有优势。而且起义军分布在全国各地，没有迅速集结起来，被东汉王朝抓住机会，把起义军主力部队各个击破。

二、起义军将领缺乏带兵和战斗经验。波才不懂布阵扎营先胜后败，张梁只懂得硬打拼，被官军偷袭。其他将领如张曼成、赵弘等只知固守一城一池，不懂得运用灵活的战术。而官军将领如卢植、皇甫嵩、朱俊、曹操等都很有军事才能。皇甫嵩“能温恤士卒，每军行顿止，须营幔修立，然后就舍，军士皆食，尔乃尝饭，故所向有功”。曹操更是足智多谋，他在领兖州牧时打败了青州黄巾。

三、保密工作没有做好。早在起义之前，张角要造反的消息就传得沸沸扬扬，杨赐、刘陶等人上书汉灵帝，说张角“阴谋益甚”，只是汉灵帝当时“殊不为意”。在马元义准备发动起义的紧急关头，又出现了唐周告密事件，导致马元义被杀，内应被清除，张角不得不仓促发动起义。