朱厚熜本是兴王，是其父朱祐杬的次子，因其兄长朱厚熙早夭，而成为实际上的嫡长子，并于正德十四年接替父亲，成为明朝第二代兴王。嘉靖帝朱厚熜是不是朱棣子孙？朱厚熜虽然不是大宗，但是他完全可以归入明成祖一脉，100%是朱棣子孙。

正德十六年（1521年），明武宗朱厚照驾崩，因身后无嗣，明朝内阁联合内宫司礼监，经与太后审慎商议，遂以懿旨昭告天下，确立兴王朱厚熜入主大宗，承继大统，成为大明新一任天子。

由内阁代笔的武宗遗诏内容：“朕疾弥留，储嗣未建，朕皇考亲弟兴献王长子厚熜年已长成，贤明仁孝，伦序当立，已遵奉祖训兄终弟及之文，告于宗庙，请于慈寿皇太后，即日遣官迎取来京，嗣皇帝位，奉祀宗庙”。

虽然朱厚熜出身于小宗，但是他跟紫禁城里的大宗，是有着非常紧密的关系。

自朱棣称帝后，明朝的皇家大宗即由朱标一脉转向了朱棣一脉。因此，明朝皇室与皇帝的关系可大致分为两圈：一圈是朱棣的直系后代，另一圈则是朱元璋其他子嗣后代，比如朱标后人。

朱厚熜的父亲朱祐杬，在历史上的记载是明兴献王，朱祐杬的父亲叫明宪宗朱见深，兄弟是明孝宗朱祐樘，明武宗朱厚照见他也要喊声叔叔，二者是叔侄之亲。

进一步追溯，朱见深是明英宗朱祁镇的长子，朱祁镇则为明宣宗朱瞻基长子，朱瞻基则是朱棣的好圣孙，可见朱厚熜是纯正的朱棣后人。

登基后的朱厚熜在身分认同上倍感困扰，因为明武宗的臣子们总是要让他入嗣孝宗，也就是认明孝宗朱祐樘当爹。

当时大臣们的理由很简单，朱厚熜是藩王小宗入主皇家大宗，本质上不符合儒家传统的“兄终弟及”，而要想合理合法，那么朱厚熜就要真正的成为武宗的兄弟，所以必须入嗣孝宗。

朱厚熜毕竟和亲生父亲朱祐杬有十余年的朝夕相处，突然让自己不要这个爹了，他个人孝心这关很难过去。所以在朝堂上，朱厚熜一直强调“继统不继嗣”，为此朱厚熜与群臣拉锯达3年之久，最终以追封朱祐杬为兴献帝才落幕，史称“大礼议之争”。

嘉靖帝朱厚熜是不是朱棣子孙？质疑朱厚熜不是的，往往只看到藩王小宗朱厚熜摇身一变成为皇帝，而且跟上任皇帝明武宗、上上任皇帝明孝宗都没有直接关系。基本忽视了朱厚熜其父朱祐杬是明孝宗异母弟，都是明宪宗朱见深的儿子。