公元1644年3月，李自成攻陷北京，崇祯皇帝吊死煤山，但此时大明还拥有江南半壁江山和完整的行政体系，为何没能像南宋一样与清朝形成南北对峙之局面呢，两大因素决定了南明的命运，党争和内斗极大的消耗了南明的实力，

李自成攻占北京时，南京的首席重臣兵部尚书史可法正准备率军勤王，大军刚过长江，从北京逃来的太监报知崇祯皇帝殉国，国不可一日无君，这让南京的众大臣们慌忙要另立新君，按次序应该由神宗之孙，崇祯的堂弟福王朱由崧继承大位，

但万历年间的国本之争让东林党对老福王朱常洵深恶痛绝，现在皇位居然落入他的儿子之手，这让南京的东林党人无法接受。

史可法是东林党人左光斗的门生，他也表示同意拥立潞王，但大明一朝皇位继承除了燕王起兵篡逆之外，其他时候皇位传承都是严格按照宗法，东林党在南京闹得欢，漕运总督路振飞和凤阳总督马士英等人却要拥立福王，史可法写信给马士英说明福王昏庸有七不可立，马士英表示可以不拘于常理决定嗣君。

但随后他的手下四位武将黄得功，高杰，刘良佐，刘泽请表示只拥立福王，这让马士英又转了舵，他写信给南京守备太监韩赞周联结为内应，四镇总兵陈兵江北，要以武力解决皇位之争，4月26群臣召开会议，决定谁为皇帝，兵部侍郎吕大器在朝会上痛陈福王七大不可立，力主拥立潞王。

但此时刘伯温的后人诚意伯刘孔昭和南京守备太监韩赞周等人大喊，潞王越过福王而立致神宗皇帝于何地，我等誓死不从，并拿出早已准备好的誓书要群臣签字，东林党人此时变成了少数，大臣多数同意立福王，随后守备太监韩赞周发出正式通告，迎立福王。史可法此时在外接到通知也只有接受事实。

不久福王继位，马士英携拥立之功入朝，被封入阁为当朝首辅，史可法被挤出南京，出镇扬州，马士英想把持朝政就得排挤东林党，东林党更是恨他首鼠两端，马士英联结阉党阮大铖和东林党开始了互相倾轧，朝政也被搅得乌烟瘴气。

而江北扬州四镇总兵，为了抢夺地盘也开始了内战，史可法虽然赤胆忠心，但无奈能力不足，刘良佐和刘泽请两人飞扬跋扈军纪涣散，两人不去防备清军，一心劫掠百姓，江北之地被洗劫一空，而黄得功和高杰更是兵戎相见，要拚个你死我活，史可法为大义居中调节，费尽九牛二虎之力才算劝得两人罢兵，但两人从此试成水火，共同抗击清军已无从谈起。

这时，镇守襄阳的甯南侯左良玉以保太子清君侧为名，起兵要攻取南京，而清军也大举南下，弘光帝是头痛医头脚痛医脚，急招江北四镇之兵去抵御左良玉大军，

史可法上书此时撤军北兵一致则玉石俱焚，不可撤军，但马士英作为当朝首辅和闽党领袖则要和他认为的东林党人左良玉死磕到底，根本不理史可法，大臣上奏请兵严防江北清军，马士英在朝堂咆哮，我辈甯死于清，也不可死于左贼之手，这和二百多年后的那位老佛爷的名言甯予外姓，勿与家奴 如出一辙，国破家亡之际明朝内部却斗得你死我活。

1645年四月初四，左良玉病死军中，大军由其子左梦庚带领继续作战，五月初二被黄得功在板子几打败，正好清军到来随即降清，而此时扬州城早已被清军攻破，史可法大义赴死，扬州被清军屠城。

随后，投降清军的总兵刘良佐为新主子要立新功，充当先锋，守备长江的郑鸿奎等人，早已轻舟入海逃之夭夭了，五月初十弘光帝携带后妃，逃到芜湖黄得功处，刘良佐率领大军追到，刘良佐与黄得功旧日关系不错，二军对阵之时，他在马上亲自招降。黄得功大骂刘良佐背主卖国。

正说话间，刘良佐手下的中军张天禄发暗箭正中黄得功咽喉。黄得功大叫一声，拔箭而死。其手下明军，纷纷缴械。弘光帝此时在想逃脱已经来不及了，被刘良佐部拘捕，送往豫亲王多铎处，此时的南京城已经在东林党魁钱谦益的带领下开城降清，钱阁老挥动如攒大笔，歌颂大清圣德，将之前的义正言辞铁骨铮铮全部扔进了秦淮河。

此后，马士英跑入台州山中一寺庙之内，削发为僧，被家中仆人出卖，被清军俘获，清军将其押往延平城内斩首示众，马士英死前骂不绝口，表现出大明首辅的气节，死后被剥皮示众。